ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb Class Reference

Public Member Functions
def	__init__ (self, fname, num_frames_to_read=100000)
def	write_to_file (self, fname, frames=[])
def	clear_position_data (self)
def	add_frames (self, num_frames)
def	add_empty_frame (self)
def	build_from_traj (self, traj, scale=1.0)
def	translate (self, shift)
def	set_pos (self, pos)
def	rotate (self, rot)
def	reorder_atoms (self, start=1)
def	reorder_residues (self, start=1)
def	add_empty_blob (self)
def	reset (self)

Data Fields
	num_blobs
	num_atoms
	num_frames
	blob

Constructor & Destructor Documentation

__init__()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__	(		self,
			fname,
			num_frames_to_read = 100000
	)

Member Function Documentation

add_empty_blob()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_blob

(

self

)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.default().

add_empty_frame()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_frame

(

self

)

add_frames()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_frames	(		self,
			num_frames
	)

build_from_traj()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj	(		self,
			traj,
			scale = 1.0
	)

clear_position_data()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.clear_position_data

(

self

)

reorder_atoms()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reorder_atoms	(		self,
			start = 1
	)

reorder_residues()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reorder_residues	(		self,
			start = 1
	)

reset()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset

(

self

)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_spring.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_face(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_vol(), and ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.pin_radially().

rotate()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.rotate	(		self,
			rot
	)

set_pos()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.set_pos	(		self,
			pos
	)

translate()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.translate	(		self,
			shift
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.set_pos(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_pos().

write_to_file()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file	(		self,
			fname,
			frames = []
	)

Field Documentation

blob

ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.blob

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.add_blob(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_blob(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.add_empty_blob(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_frames(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.default(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.delete_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load_frame(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_material(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_node(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_pin(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_skeleton(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_stokes(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_surface(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_topology(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.load_vdw(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.remove_blob(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reorder_atoms(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reorder_residues(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.rescale(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_header(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.set_pos(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_blob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.translate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.translate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_frame_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.write_to_file().

num_atoms

ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.num_atoms

num_blobs

ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.num_blobs

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_blob(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_params.assign_param(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.delete_frame(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_params.fix_params(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.rescale(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_header(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_blob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.translate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_header_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_params.write_to_file().

num_frames

ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.num_frames

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_frames(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.delete_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_p_i(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_trajectory_length(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.load_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.translate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_frame_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_to_file().

---

The documentation for this class was generated from the following file:

• FFEA_pdb_OLD.py