ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain Class Reference

Public Member Functions
def	__init__ (self, num_atoms=0, num_frames=0)
def	setID (self, ID)
def	add_empty_frame (self)
def	set_atom_position (self, x, y, z, frame=-1, atom=None)
def	reset (self)

Data Fields
	num_atoms
	atom
	num_frames
	frame
	chainID

Constructor & Destructor Documentation

__init__()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.__init__	(		self,
			num_atoms = 0,
			num_frames = 0
	)

Member Function Documentation

add_empty_frame()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame

(

self

)

reset()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset

(

self

)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_spring.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_atom.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_face(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_vol(), and ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.pin_radially().

set_atom_position()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.set_atom_position	(		self,
			x,
			y,
			z,
			frame = -1,
			atom = None
	)

setID()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.setID	(		self,
			ID
	)

Field Documentation

atom

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.atom

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset().

chainID

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.chainID

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset().

frame

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.frame

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.calc_centroid_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.set_atom_position(), and ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.set_frame().

num_atoms

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.num_atoms

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset().

num_frames

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.num_frames

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_frames(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.delete_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_p_i(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_trajectory_length(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.load_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.translate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_frame_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_to_file().

---

The documentation for this class was generated from the following file:

• FFEA_pdb.py