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Fluctuating Finite Element Analysis
Public Member Functions | Data Fields
ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node Class Reference
Inheritance diagram for ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node:
ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame

Public Member Functions

def __init__ (self, fname="", scale=1.0, frame=0)
 
def load (self, fname, findex=0)
 
def load_FFEA_node (self, fname)
 
def load_tetgen_node (self, fname)
 
def load_obj (self, fname)
 
def load_vol (self, fname)
 
def add_node (self, n, nodetype=-1)
 
def calculateInterior (self, top=None, surf=None)
 
def calculate_dimensions (self)
 
def print_details (self)
 
def write_to_file (self, fname, surf=None)
 
def linearise_system (self, top)
 
def rescale (self, factor)
 
def calc_mass (self, top, mat)
 
def calc_centroid (self, subset=None)
 
def calc_CoM (self, top, mat)
 
def get_CoM (self)
 
def get_centroid (self)
 
def translate (self, trans)
 
def set_pos (self, pos)
 
def rotate (self, rot)
 
def index_switch (self, inindex, intype, limit=1, surf=None, top=None)
 
def reset (self)
 

Data Fields

 scale
 
 valid
 
 empty
 
 pos
 
 num_surface_nodes
 
 num_interior_nodes
 
 centroid
 
 CoM
 
 num_nodes
 

Constructor & Destructor Documentation

◆ __init__()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.__init__ (   self,
  fname = "",
  scale = 1.0,
  frame = 0 
)

Member Function Documentation

◆ add_node()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node (   self,
  n,
  nodetype = -1 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_FFEA_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_obj(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.load_stokes(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_tetgen_node(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol().

◆ calc_centroid()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_centroid (   self,
  subset = None 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_pos(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.set_pos().

◆ calc_CoM()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_CoM (   self,
  top,
  mat 
)

◆ calc_mass()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_mass (   self,
  top,
  mat 
)

◆ calculate_dimensions()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculate_dimensions (   self)

◆ calculateInterior()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculateInterior (   self,
  top = None,
  surf = None 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.cull_interior().

◆ get_centroid()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.get_centroid (   self)

◆ get_CoM()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.get_CoM (   self)

◆ index_switch()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.index_switch (   self,
  inindex,
  intype,
  limit = 1,
  surf = None,
  top = None 
)

◆ linearise_system()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.linearise_system (   self,
  top 
)

◆ load()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load (   self,
  fname,
  findex = 0 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__().

◆ load_FFEA_node()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_FFEA_node (   self,
  fname 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load().

◆ load_obj()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_obj (   self,
  fname 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load(), and ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load().

◆ load_tetgen_node()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_tetgen_node (   self,
  fname 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load().

◆ load_vol()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol (   self,
  fname 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.load(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load(), and ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load().

◆ print_details()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details (   self)

◆ rescale()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rescale (   self,
  factor 
)

◆ reset()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset (   self)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_spring.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_atom.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_face(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_vol(), and ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.pin_radially().

◆ rotate()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate (   self,
  rot 
)

◆ set_pos()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.set_pos (   self,
  pos 
)

◆ translate()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.translate (   self,
  trans 
)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_pos(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.set_pos().

◆ write_to_file()

def ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file (   self,
  fname,
  surf = None 
)

Field Documentation

◆ centroid

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.centroid

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.get_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.get_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.get_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.get_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.get_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_blob.write_to_file().

◆ CoM

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.CoM

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.get_CoM(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.get_CoM(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.reset().

◆ empty

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.empty

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.reset(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.reset(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset().

◆ num_interior_nodes

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.num_interior_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

◆ num_nodes

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.num_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.calc_centroid_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculateInterior(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_header(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_blob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.set_subblob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_header_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

◆ num_surface_nodes

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.num_surface_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

◆ pos

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.pos

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_CoM(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculate_dimensions(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.linearise_system(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_obj(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_tetgen_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rescale(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.reset(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_atomic_pos(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.translate(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.translate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.translate(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

◆ scale

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.scale

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_blob.default(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_FFEA_node(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script_blob.write_to_file().

◆ valid

ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.valid

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.load(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.load(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.load(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.load(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.load(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.load(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.reset(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.reset(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset().

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