ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb Class Reference

Public Member Functions
def	__init__ (self, fname="", num_frames=100000)
def	load (self, fname, num_frames=100000)
def	load_pdb (self, fname, num_frames_to_read=100000)
def	get_ffea_comment (self, line)
def	write_to_text (self, frames=None, frame_rate=1)
def	write_to_file (self, fname, frames=None, frame_rate=1)
def	build_from_traj (self, traj, scale=1e10)
def	build_from_rod (self, rod, scale=1e10, load_equil=False)
def	clear_position_data (self)
def	add_empty_frame (self)
def	translate (self, trans)
def	rotate_chains_individually (self, rot)
def	rotate_full_system (self, rot, cent=[], findex=0)
def	set_pos (self, pos, findex=0)
def	reset (self)

Data Fields
	valid
	empty
	num_chains
	Any failure to read next line constitues the end of the frame. More...
	num_atoms
	chain
	num_frames

Constructor & Destructor Documentation

__init__()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.__init__	(		self,
			fname = "",
			num_frames = 100000
	)

Member Function Documentation

add_empty_frame()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.add_empty_frame

(

self

)

build_from_rod()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod	(		self,
			rod,
			scale = 1e10,
			load_equil = False
	)

build_from_traj()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj	(		self,
			traj,
			scale = 1e10
	)

clear_position_data()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.clear_position_data

(

self

)

get_ffea_comment()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.get_ffea_comment	(		self,
			line
	)

load()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.load	(		self,
			fname,
			num_frames = 100000
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__().

load_pdb()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.load_pdb	(		self,
			fname,
			num_frames_to_read = 100000
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.load().

reset()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset

(

self

)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_spring.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_atom.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_face(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_vol(), and ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.pin_radially().

rotate_chains_individually()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_chains_individually	(		self,
			rot
	)

rotate_full_system()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system	(		self,
			rot,
			cent = [],
			findex = 0
	)

set_pos()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos	(		self,
			pos,
			findex = 0
	)

translate()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.translate	(		self,
			trans
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_pos(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos().

write_to_file()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_file	(		self,
			fname,
			frames = None,
			frame_rate = 1
	)

write_to_text()

def ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_text	(		self,
			frames = None,
			frame_rate = 1
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_file().

Field Documentation

chain

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.chain

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.clear_position_data(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_chains_individually(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.translate(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_text().

empty

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.empty

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.reset(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.reset(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.reset().

num_atoms

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.num_atoms

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_text().

num_chains

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.num_chains

Any failure to read next line constitues the end of the frame.

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.clear_position_data(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_chains_individually(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.translate(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_text().

num_frames

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.num_frames

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.add_empty_frame(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.add_frames(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.clear_position_data(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.delete_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_p_i(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.get_trajectory_length(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load_frame(), ffeatools.modules.FFEA_rod.FFEA_rod.load_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_chain.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_chains_individually(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.rotate_full_system(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.set_pos(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_frame(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.translate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.translate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_frame_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.write_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.write_to_text().

valid

ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.valid

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.load(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.load(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.load(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.load(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.load(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.load(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.reset(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.reset(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.reset().

---

The documentation for this class was generated from the following file:

• FFEA_pdb.py