ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame Class Reference

Inheritance diagram for ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame:

Public Member Functions
def	load_from_traj (self, fo)
def	load_from_traj_faster (self, fo)
def	load_from_traj_onlynodes_faster (self, fo)
def	build_from_node (self, node)
def	write_to_traj (self, fo)
def	calc_normals (self, surf)
def	set_step (self, step)
def	reset (self)
Public Member Functions inherited from ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node
def	__init__ (self, fname="", scale=1.0, frame=0)
def	load (self, fname, findex=0)
def	load_FFEA_node (self, fname)
def	load_tetgen_node (self, fname)
def	load_obj (self, fname)
def	load_vol (self, fname)
def	add_node (self, n, nodetype=-1)
def	calculateInterior (self, top=None, surf=None)
def	calculate_dimensions (self)
def	print_details (self)
def	write_to_file (self, fname, surf=None)
def	linearise_system (self, top)
def	rescale (self, factor)
def	calc_mass (self, top, mat)
def	calc_centroid (self, subset=None)
def	calc_CoM (self, top, mat)
def	get_CoM (self)
def	get_centroid (self)
def	translate (self, trans)
def	set_pos (self, pos)
def	rotate (self, rot)
def	index_switch (self, inindex, intype, limit=1, surf=None, top=None)
def	reset (self)

Data Fields
	pos
	vel
	num_nodes
	num_surface_nodes
	num_interior_nodes
	normal
	step
Data Fields inherited from ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node
	scale
	valid
	empty
	pos
	num_surface_nodes
	num_interior_nodes
	centroid
	CoM
	num_nodes

Member Function Documentation

build_from_node()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.build_from_node	(		self,
			node
	)

calc_normals()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.calc_normals	(		self,
			surf
	)

load_from_traj()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj	(		self,
			fo
	)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster(), and ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_onlynodes_faster().

load_from_traj_faster()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster	(		self,
			fo
	)

load_from_traj_onlynodes_faster()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_onlynodes_faster	(		self,
			fo
	)

reset()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset

(

self

)

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_lj.FFEA_lj.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_skeleton.FFEA_skeleton.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_states.FFEA_kinetic_states.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_vdw.FFEA_vdw.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_map.FFEA_kinetic_map.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_springs.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_topology.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_material.FFEA_material.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_measurement.FFEA_measurement.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_script.FFEA_script.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_states.FFEA_kinetic_state.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_springs.FFEA_spring.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_lj.FFEA_lj_pair.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_atom.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_face.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_topology.FFEA_element.__init__(), ffeatools.modules.FFEA_material.FFEA_material.build(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.build_from_pdb(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_rod(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb.build_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.load(), ffeatools.modules.FFEA_measurement.FFEA_measurement.load_detailed(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_face(), ffeatools.modules.FFEA_measurement.FFEA_measurement.load_global(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.load_rates(), ffeatools.modules.FFEA_kinetic_states.FFEA_kinetic_states.load_states(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol(), ffeatools.modules.FFEA_surface.FFEA_surface.load_vol(), and ffeatools.modules.FFEA_pin.FFEA_pin.pin_radially().

set_step()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.set_step	(		self,
			step
	)

write_to_traj()

def ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.write_to_traj	(		self,
			fo
	)

Field Documentation

normal

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.normal

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset().

num_interior_nodes

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.num_interior_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

num_nodes

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.num_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.build_from_node(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.calc_centroid_trajectory(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculateInterior(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_onlynodes_faster(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.reset(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.reset(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_header(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.set_single_blob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_traj_blob.set_subblob(), ffeatools.modules.FFEA_trajectory.FFEA_trajectory.write_header_to_file(), ffeatools.modules.FFEA_stokes.FFEA_stokes.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

num_surface_nodes

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.num_surface_nodes

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.build_from_node(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_onlynodes_faster(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file().

pos

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.pos

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_kinetic_rates.FFEA_kinetic_rates.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.add_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.calc_centroid(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calc_CoM(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.calculate_dimensions(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.linearise_system(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_onlynodes_faster(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_obj(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_tetgen_node(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.load_vol(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.print_details(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rescale(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.reset(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.reset(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.rotate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.set_atomic_pos(), ffeatools.modules.FFEA_pdb_OLD.FFEA_pdb_frame.translate(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.translate(), ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.translate(), ffeatools.modules.FFEA_node.FFEA_node.write_to_file(), and ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.write_to_traj().

step

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.step

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset(), and ffeatools.modules.FFEA_pdb.FFEA_pdb_frame.reset().

vel

ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.vel

Referenced by ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj(), ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.load_from_traj_faster(), and ffeatools.modules.FFEA_frame.FFEA_frame.reset().

---

The documentation for this class was generated from the following file:

• FFEA_frame.py